Dos años y medio después de la de la huida de Sasuke, Naruto regresa a Konoha después de haber estado todo este tiempo entrenando con Jiraiya para poder controlar adecuadamente el chakra de Kyūbi. En el anime se intercala una serie de sagas en este periodo que no aparecen en el manga, conocidas como relleno.
Vemos un Naruto que vuelve habiendo crecido en tamaño, fuerza y madurez, al igual que todos sus antiguos compañeros, como comprueba Naruto según se reencuentra con ellos, enterándose de que todos son chūnin e incluso jounin mientras él, al no haberse presentado a los exámenes, sigue siendo un genin. También nos presentan a un Sasuke corrompido por el sello de Orochimaru y a una Sakura convertida en ninja médico gracias a su entrenamiento con Tsunade.
Después de la fallida invasión de Konoha, y tras darse cuenta de la manipulación recibida, el país de la Arena es uno de los principales aliados de Konoha. Gaara es el nuevo Kazekage (kage de la Arena) y se ve cómo después de la batalla contra Naruto aprendió el valor de la amistad y a dejar atrás su rencor.
El enemigo principal de esta saga es Akatsuki, una organización de la que se va conociendo cada vez más datos, está formada por nueve poderosos ninjas, todos ellos ninjas renegados de sus respectivas aldeas, cuyo objetivo conocido es hacerse con los nueve bijū, uno de los cuales es el zorro de nueve colas encerrado dentro de Naruto. Orochimaru era el décimo miembro de Akatsuki pero la abandonó y no ha sido reemplazado, estando enfrentado con su antigua organización.
Finalmente Akatsuki comienza a actuar y dos de sus miembros, Deidara y Sasori se dirigen a la Aldea Oculta de la Arena, con el fin de extraer el Shukaku a Gaara. Gracias a Yuura un espía que Sasori tenía dentro de la aldea, Deidara es capaz de infiltrarse dentro de ésta eliminando a los ninjas que vigilaban el cielo, una vez que llega al edificio del Kazekage, se topa inmediatamente con Gaara, dando inicio a un impresionante combate en el cielo, donde Gaara demuestra lo mucho que ha progresado, poniendo en muchas dificultades al miembro de Akatsuki llevándolo incluso a perder un brazo, fue entonces que Deidara decidió atacar la aldea para distraer al Kazekage y tenderle una trampa, ya que el Akatsuki previamente había creado criaturas de arcilla y arena ocultas en el escudo de Gaara, de esta manera lo derrotó y junto a Sasori huyeron del lugar. Kankuro los localizó, sin embargo, al enfrentarse a Sasori, no tuvo ninguna oportunidad ya que este es un maestro de las marionetas y logro envenenar a Kankuro, pero consiguió una prenda del Akatsuki que finalmente ocuparía el equipo Kakashi que se alió a la anciana Chiyo, abuela de Sasori, para encontrar la guarida del enemigo.
Una vez allí, el equipo Gai se vio obligado a pelear con sus clones, mientras que Kakashi y Naruto fueron tras Deidara, quien tomó el cuerpo de Gaara y huyó, y la anciana Chiyo y Sakura se enfrentarían a Sasori en la cueva, esta increíble batalla culminó con la muerte del Akatsuki, la anciana Chiyo sumamente herida y una Sakura que demostró el gran nivel que adquirió entrenando junto a Tsunade, por otro lado el equipo Gai vence a sus clones y Deidara es atrapado por el Mangekyo Sharingan de Kakashi ayudando a Naruto a recuperar el cuerpo sin vida de Gaara, además Sakura, Chiyo y el equipo Gai llegan al lugar, forzando al Akatsuki a crear un clon de arcilla explosivo para poder huir. Finalmente la anciana usa su técnica de sacrificio usando el chakra de Naruto para salvar a Gaara, todos los ninjas de la arena que llegaron al lugar se alegraron de que su Kazekage estuviera con vida, pero a la vez hubo tristeza por la muerte de Chiyo que dio su vida por el kazakage, luego retornan a la aldea donde se le da una bienvenida a Gaara y se le rinden honores a la fallecida anciana.
Debido a que Kakashi queda recluido en el hospital, el equipo 7 queda corto en miembros. Tsunade asigna como líder provisional a Yamato, un capitán del ANBU que tiene el poder para suprimir el chakra del Kyubi dentro de Naruto en caso de que este pierda el control. Se une también como reemplazo de Sasuke un miembro de la división Raíz del ANBU, Sai. Su actitud inicial provoca que rápidamente se gane el desprecio de sus compañeros, y Naruto comienza a considerarlo un rival, como antaño lo hiciera con Sasuke.
Eventualmente, cuando se disponen a contactar con el espía de Sasori, descubren que se trata de Kabuto Yakushi, quien para entonces ya ha cambiado su lealtad y se ha convertido en la mano derecha de Orochimaru. Al encontrarse de nuevo con su amigo, Naruto intenta razonar con él, pero es inútil, por lo que la batalla no se hace esperar. Orochimaru, interesado en conocer el verdadero poder del jinchūriki comienza a provocarlo, por lo que Naruto eventualmente sucumbe a la rabia y libera la cuarta cola del zorro, poniendo en aprietos al sannin, que se ve forzado a retirarse. Sakura intenta calmarlo, pero estando fuera de control la hiere, por lo que Yamato se ve forzado a aplicar el sello del primer Hokage para suprimir el chakra y hacer que Naruto regrese a la normalidad.
La batalla queda inconclusa luego que Orochimaru y Kabuto decidan retirarse. Antes de volver a casa, Yamato le dice a Naruto que si realmente quiere proteger a sus amigos, es mejor que deje de depender del chakra del zorro en el combate. Porque si quieres alcanzar a sasuke alcánzalo con tu poder, míralo, pero con tu ojos. No con los del kyubi
Naruto, al sumergirse en un entrenamiento acelerado con Kakashi y Yamato usando el Kage Bunshin no jutsu para ganar experiencia más fácilmente e incrementar la velocidad de su entrenamiento. Su objetivo era desarrollar su habilidad sobre el chakra de viento, al que descubre que es afín, y perfeccionar así el Rasengan, para hacerlo más poderoso. Durante este entrenamiento Kakashi muestra que puede usar el rasengan gracias a su maestro Minato Namikaze, Naruto descubrió la manera de poder unir el chakra sin perder la forma, usó clones de sombra; el primero inyecta el chakra, el segundo da la forma y el tercero se concentra en el viento, Cuando aún no ha dominado más que la mitad de la nueva técnica, el Fūton: Rasen Shuriken, participa en el combate que Kakashi mantenía contra Kakuzu.
Al probar su técnica en el Akatsuki, da como resultado la destrucción de dos de los tres corazones que le quedaban. El Akatsuki quedó totalmente inmóvil, y fue entonces cuando Kakashi lo remató con su raikiri. La técnica es de hecho tan destructiva, que puede lesionar gravemente el brazo con que Naruto la usa hasta poder dejarlo inservible; ya que corta con micro espinas, uno a uno, los nervios que unen las células, daño irreparable para la medicina ninja (Hasta para la Ninja Médico Tsunade). Por este motivo, Tsunade le prohíbe usarla de nuevo, ya que la técnica produce una micro agujas y estas cortan las células y si le llegara a suceder eso perderá la manipulación de chakra. Naruto, sin embargo, asegura conocer cuál es su límite y que la usará cuando proceda.
Tras la derrota de Hidan y Kakuzu, se dispone a buscar a Itachi Uchiha, tras enterarse de que Sasuke ha matado a Orochimaru, porque en Konoha suponen que es la mejor forma de reencontrarse con el vengador. Así pues, dos equipos de la aldea parten a la caza de Itachi: el formado por Naruto, Sakura, Yamato, Sai y Kakashi, junto al formado por Shino, Hinata, Kiba y Akamaru. El equipo se separa en partes para cumplir mejor con su labor de búsqueda. Naruto es organizado con Hinata y Yamato. Son interceptados por Kabuto, quien dice que quiere ser como Naruto, y que le entrega un extraño cuaderno donde asegura que hay todo tipo de información sobre Akatsuki que Orochimaru pudo recopilar con los años. Luego les revela que insertó los restos de Orochimaru en su cuerpo, para alcanzar un nivel superior.
Luego Naruto se encuentra sorpresivamente con Itachi quien le pregunta porque quiere salvar a Sasuke a lo que este responde que lo considera como un hermano y sin lugar a dudas él sería mejor hermano que Itachi, entonces Itachi desaparece velozmente. Después Sasuke tiene un pequeño encuentro con Itachi que le dice que vaya al escondite de los Uchiha, donde se realizara su encuentro final, sin embargo en el trayecto Sasuke se encuentra con un Kage Bunshin de Naruto y este da con la posición de Sasuke y se dispone a seguirlo.
Los ocho de Konoha (Naruto, Sakura, Kakashi, Sai, Yamato, Kiba, Hinata y Shino), en su búsqueda de Sasuke e Itachi, son de repente interceptados por Tobi, que se mofa delante de ellos acerca de la enorme inferioridad numérica a la que se ve sometido. Un Kage Bunshin de Naruto ataca por detrás a Tobi con un Rasengan, pero este le traspasa sin causarle ningún daño, de la misma forma que salió indemne del sablazo de Sasuke en el combate de este último contra él y Deidara.
Posterior a eso Naruto ataca a Tobi desesperadamente pero este evita todos sus ataques con facilidad gracias a su técnica espacio temporal. Los demás se alistan para atacar a Tobi, pero la aparición de Zetsu hace que Tobi se marche. Naruto ha fallado una vez más, y se lamenta de no poder haber sido capaz de llevar de regreso a Sasuke.
Después se observa a Naruto dormitando en su pequeña casa, a la vez que recuerda el encuentro que tuvo con Itachi Uchiha, justo antes de que este último se enfrentara a su hermano Sasuke. En dicho encuentro, Itachi le pregunta a Naruto, la razón por la que estima tanto a Sasuke, considerando que este huyó de Konoha y le abandonó no importándole la amistad que había entre ambos. De igual forma le plantea la posibilidad de que en un futuro Sasuke atacase Konoha, preguntándole sí estaría dispuesto a asesinar a su amigo con miras a proteger la aldea. El joven Uzumaki, responde molesto, que eso es imposible, ya que Sasuke jamás atacaría su aldea natal, y que, en caso de presentarse dicha situación, buscaría la forma de proteger la aldea sin tener que matar a su amigo. Itachi le responde que es aún un niño, ya que un ninja debe tomar decisiones difíciles sin entremezclar sentimientos; al tiempo que envía uno de sus cuervos genjutsu directamente a la boca de Naruto, diciendo que le ha dado parte de su poder, esperando que jamás tenga que usarlo. Finalizando todo con una sonrisa por parte de Itachi y un sorprendido Naruto. Para después, disponerse a dormir sin entender la razón por la que Itachi actuó de esa forma, aquel día.
